Mạc Đăng Dung là một trong những nhân vật gây nhiều tranh cãi nhất trong lịch sử Việt Nam. Đứng trên quan điểm bảo thủ của Nho giáo, người ta có lý do để phê phán Mạc Đăng Dung bởi vì ông là đại thần của nhà Lê nhưng lại soán ngôi của họ Lê, dòng họ đã để lại những dấn ấn sau đậm với lịch sử Việt Nam từ thời Lê Thái Tổ (Lê Lợi) cho tới Lê Thánh Tông. Tuy nhiên nhìn nhận một cách công bằng nếu chính trường Đại Việt đầu thế kỷ 16 không xuất hiện họ Mạc thì họ Nguyễn và họ Trịnh đã thâu tóm quyền lực sớm hơn chứ không phải đợi tới cuối thế kỷ đó. Từ sau thời Lê Thánh Tông, vai trò lịch sử của họ Lê cơ bản đã hoàn thành. Từ những thế kỷ 17 cho tới 19, họ Trịnh và họ Nguyễn mới là những người cai trị có thực quyền trên dải dất Việt Nam trong khi quyền lực họ Lê chỉ có ý nghĩa hình thức.

Những nhân vật kiểu như Mạc Đăng Dung (hay Trần Thủ Độ và Hồ Quý Ly) thường xuất hiện trong lịch sử Trung Hoa hơn là Việt Nam. Sử sách triều Lê-Trịnh và triều Nguyễn vốn là đối nghịch với Nhà Mạc nên sau này luôn lên án Mạc Đăng Dung là "thoán nghịch" hay "nghịch thần" đồng thời coi Nhà Mạc là "ngụy triều" nhưng cũng phải ghi lại một thực tế hoàn cảnh lịch sử khi Mạc Đăng Dung sau khi đã phụng sự 5 đời vua Lê vốn đã suy tàn với những "vua quỷ, vua lợn", các thế lực tranh giành, chiến tranh liên miên... Nên khi Mạc Đăng Dung lên ngôi là "bấy giờ thần dân trong nước đều theo Mạc Đăng Dung, đến đón vào kinh sư" (Đại Việt sử ký toàn thư, tr. 118) hay "lúc này thần dân phần nhiều xu hướng về Đăng Dung, đều ra đón về kinh đô" (Đại Việt thông sử, tr. 264). Nhưng dù có khen chê hay định đoạt công tội của Mạc Đăng Dung thì người ta cũng phải thừa nhận ông là một người có tài thao lược, trí dũng hơn người (chỉ trong khoảng 10 năm đã dẹp yên hầu hết các cuộc nổi loạn của nhiều phe phái, thế lực cát cứ khắp nước), là một tay anh hùng lập thân trong thời đại loạn như Đinh Tiên Hoàng thuở trước (xuất thân hàn vi từ tay không mà dựng nên đế nghiệp), một chính khách khôn ngoan, hành xử linh hoạt, kiên nhẫn chờ thời, biết mình biết người, là người có sức thu phục nhân tâm lớn (thu phục đại bộ phận lòng dân trong nước, chiêu nạp dưới trướng nhiều tướng lĩnh có tài và trung thành như Nguyễn Kính, Vũ Hộ, Phạm Tử Nghi...) và khi cần, dám hy sinh cả danh dự/sỹ diện cá nhân hay dòng họ mình vì quyền lợi chung của dân tộc cũng như đại cục quốc gia. Một thực tế lịch sử mà ngay cả các sử gia thời Lê-Trịnh, Nguyễn sau này phải thừa nhận rằng con cháu Nhà Mạc từ sau năm 1592 cho đến khi để mất hẳn đất Cao Bằng về tay nhà Lê Trung hưng, chưa bao giờ có ý đồ mượn sức mạnh quân sự của Nhà Minh hay Nhà Thanh để chống lại quân Lê-Trịnh-Nguyễn trên bờ cõi đất Việt (dù phải mượn sức mạnh/ảnh hưởng chính trị từ thiên triều phương Bắc trong việc đối phó với sức ép quân đội Lê-Trịnh). Lời di chúc nổi tiếng của thân vương Mạc Ngọc Liễn có thể xem là bằng chứng lịch sử đáng tin nhất cho chiến lược tồn vong của Nhà Mạc: quyền lợi dòng họ - gia tộc là quan trọng nhưng vẫn phải đặt sau địa vị tối cao của quyền lợi quốc gia - dân tộc.[82]Một điều nữa khiến Mạc Đăng Dung được các sử gia sau này đánh giá cao là ở cách đối nhân xử thế của ông. Khi Mạc Đăng Dung phế bỏ nhà Lê sơ để lên ngôi, ông đã không thi hành một cuộc tàn sát hay tắm máu nào đối với con cháu Nhà Lê và những người trung thành với cựu triều bởi những cuộc thanh trừng có hệ thống đã từng xảy ra khi Nhà Trần lên thay Nhà Lý, Nhà Hồ lên thay Nhà Trần trước đó. Đối với những di sản kiến trúc-văn hóa của Nhà Lê sơ tại Thăng Long và Thanh Hóa, Mạc Đăng Dung cũng không xâm phạm hay tàn phá, mà còn cho tu bổ lại các công trình như nhà Quốc Tử Giám ở Thăng Long và lăng mộ các đời vua Lê tại Lam Kinh (Thanh Hóa). Đây cũng được coi là việc làm hiếm thấy trong lịch sử các triều đại phong kiến Việt Nam bởi triều đại mới lên thường xóa bỏ hay phá hủy những gì được coi là "tàn tích" của triều đại cũ cho dù nhiều "tàn tích" trong số đó có ý nghĩa tiến bộ về lịch sử đi chăng nữa. Điểm "đặc biệt" cuối cùng trong cách hành xử của Mạc Đăng Dung là ở khả năng dùng người và trọng đãi nhân tài của ông. Một bộ phận lớn quan lại, đại thần của triều cũ (Lê sơ) vẫn được tin dùng và trao giữ những chức vụ quan trọng dưới triều Mạc. Nhiều nhà nghiên cứu hiện đại cho rằng sở dĩ Mạc Đăng Dung có cách hành xử linh hoạt, cởi mở như vậy là do ông xuất thân ở vùng biển nơi cư dân có cái nhìn thực tế, hướng ngoại và ít bị ràng buộc bởi những tư tưởng bảo thủ truyền thống như những cư dân trong nội địa vốn chủ yếu sống bằng nông nghiệp vào thời đó. Bởi vậy mà cho tới cuối thời Lê Trung hưng, trong sách Vũ trung tùy bút tác giả Phạm Đình Hổ đã viết: "cái đức chính của thời Minh Đức (niên hiệu của Mạc Thái Tổ) và Đại Chính (niên hiệu của Mạc Thái Tông) Nhà Mạc vẫn còn cố kết ở lòng người chưa quên. Vậy nên thời vận đã về Nhà Lê mà lòng người hướng theo Nhà Mạc vẫn chưa hết..."

Tổng kết lại một cách khách quan và công bằng, trong tất cả những nhân vật lịch sử ít nhiều nuôi tham vọng đế vương của chính trường Đại Việt ở thế kỷ XVI (bao gồm cả Lê Do, Lê Chiêu Tông, Trần Cảo, Trần Cung, Trần Tuân, Trần Chân, Nguyễn Hoằng Dụ, Nguyễn Kim, Nguyễn Hoàng, Trịnh Duy Đại, Trịnh Duy Sản, Trịnh Tuy, Trịnh Kiểm, Trịnh Tùng), Mạc Đăng Dung là gương mặt có sự hội tụ 3 yếu tố quan trọng một cách rõ rệt hơn cả: “tài”, “tâm”, và “thời”.